Отдел флоры и систематики растений существует со дня основания Института ботаники .
В свое время его возглавляли профессора Б. Федченко (1932-1935 гг.), Н. Гончаров (1935-1040 гг.), академик НАНТ П. Овчинников (1941-1977 гг.), чл.-корр. Академик НАНТ М. Расулова (1977-1988 гг.), член-корр. Академик НАНТ М. Исмаилов (1992-1991 гг.), Академик наук Х. Хисориев (1994-2020 гг.).
Основные направления научных исследований отдела:
- изучение биоразнообразия, систематики, экологии, таксономии, географии и генезис флоры высших и низших растений, оценка состояний редких и эндемичных видов растений и разработка научных основ по их сохранению и устойчивого использования.
В результате огромного труда нескольких поколений ботаников-флористов на сегодняшнее время на территории Таджикистана выявлено более 4500 видов сосудистых растений, представителей 120 семейств и около 1000 родов, описано более 200 новых для науки видов и более 800 эндемичных видов, которые произрастают только на территории Таджикистана.
Большой вклад в изучении естественной флоры сосудистых растений Таджикистана внесли Б.Федченко, Н.Гончаров, П. Овчинников, Р.Камелин, М.Расулова, С.Юнусов, М.Исмаилов и др. Многолетние исследования по изучению высших сосудистых растений обобщены в 10-томном книге «Флора Таджикской ССР». В результате критической инвентаризации флоры Таджикистана в настоящее время выявлено более 267 редких и эндемичных видов, включенных во второе издание «Красной книги» Республики Таджикистан (2015).
С Х. Хисориевым (1994-1999) берет свое начало новое направление ботанических исследований: флористическое эколого-географическое, систематическое, таксономическое и биоиндикационное значение водорослей (Algae) естественных и искусственных водоёмов Таджикистана.
В настоящее время созданная Х.Хисориевым альгологическая школа завершила полную инвентаризацию эвгленофитовых водорослей Центральной Азии (Хисориев, 1999-2019), водорослей водоёмов и водотоков Южного Таджикистана (Бобоев, 2005-2019), озёр Восточного Памира (Ниятбеков, 2008-2019), речных экосистем (Курбонова, 2012-2019), геотермальных и минеральных вод (Джумаева, 2008), начато изучение биоразнообразия водорослей каскадных водохранилищ по р. Вахш, водохранилищ Северного Таджикистана (Мирсабуров, Худжаев, 2019). Итоги альгофлористических работ таджикских ученых приведены в ряде монографий: «Эвгленофитовые водоросли водоёмов Центральной Азии», «Euglenophyta континентальных водоёмов», «Альгофлора водотоков и водоёмов Южно-таджикской депрессии», «Эколого-флористические особенности водорослей водоёмов бассейна р. Гунт» и др. В настоящее время на территории Таджикистана выявлено более 2200 видов водорослей из 12 отделов, 105 семейств и более 400 родов.
В результате многолетних исследований споровых растений для территории Таджикистана выявлено более 2500 видов пресноводных, почвенных и скальных водорослей, 2000 видов микро- и макромицетов, более 300 видов лишайников и свыше 400 видов лиственных и печеночных мхов.
Наиболее важными достижениями исследований по низшим растениям, имеющие практическое значение, являются работы по:
- Изучению водорослей и их роли в очистке сточных вод, в развитии кормовой базы рыбных хозяйств, по использованию мхов, лишайников, водорослей и грибов в мониторинге антропогенного загрязнения, а также в биоиндикации окружающей среды.
- Лихенологические (Lichenophyta) изучение Таджикистана начато профессором А.Окснером и его учеником д.б.н., профессором И.Кудратовым, опубликовавшим десятки научных статей и монографию «Лишайники горного Зеравшана».
- Исследования бриофлоры (Bryophyta) Таджикистана были проведены профессором У.Маматкуловым и его учеником Б.Бобораджабовым, итоги которых опубликованы в ряде монографий: «Лиственные мхи Дарвазского хребта», «Анализ бриофлоры Памиро-Алая», «Флора мохообразных Таджикистана».
В настоящее время сотрудниками отдела являются:
- Хисориев Х., Академик НАНТ д.б.н. в.н.с.
- Давлатов А.С., к.б.н., доцент. с.н.с.
- Курбонова. П.А., к.б.н. г.н.с.
- Аброров.С.С., ст. н. с.
- Юсупова Ф., н.с.
- М. Худжаев., м.н.с.
- Рахматова Т., доктор PhD.